ITS (Internal transcribed spacer)

ITS (Internal transcribed spacer)

Regione non codificante del DNA ribosomiale che viene trascritta come parte del 35S rRNA. In particolare in Saccharomyces cerevisiae il DNA ribosomiale (rDNA) è codificato da una regione lunga approssimativamente 1÷2 Mb, costituita da 100÷200 ripetizioni in tandem di 9,1 kb. Ogni ripetizione contiene i geni per 5S, 5,8S, 25S, e 18S RNA ribosomiale ­(rRNA), così come tre tipi di regioni di spaziatura (spacer regions): spaziatori interni trascritti ITS1, ITS2, spaziatori esterni trascritti, 5′ETS, 3′ETS (external transcribed spacers) e spaziatori non trascritti NTS1, NTS2 (nontranscribed spacers). Come in molti eucarioti, i geni, codificanti per 18S, 5,8S, and 25S rRNA, sono trascritti dalla RNA polimerasi I in un singolo precursore il 35 pre-rRNA che include anche le due sequenze ITS1 e ITS2. La transcrizione inizia in 5′ETS e termina in 3′ETS. Il 5S rRNA è trascritto separatamente dalla RNA polimerasi III. Il 35S pre-rRNA è processato a partire dal taglio 3′ETS. Le regioni ITS si sono dimostrate essere un’ottima fonte di dati per studi filogenetici. L’allineamento e la comparazione delle sequenze di ITS è molto usato in tassonomia perchè sono facili da amplificare (grazie all’elevato numero di copie di rRNA) e hanno un alto tasso di mutazione anche tra specie vicine nella scala evolutiva. Probabilmente quest’osservazione si può spiegare con la bassa pressione evolutiva a cui sono sottoposte sequenze non funzionali.

→ Biosfera. Ecologia del plancton microbico